Daniel Pfluger wuchs in Mannheim auf und assistierte zunächst am Nationaltheater Mannheim, bevor er Regie an der Zürcher Hochschule der Künste studierte. Bereits während des Studiums gewann er mit einer Bearbeitung der «Metamorphosen» von Ovid das renommierte Körber Studio Junge Regie. Er arbeitete seitdem als Freier Regisseur für Schauspiel und Oper in Stadt- und Staatstheatern sowie in der Freien Szene im In- und Ausland. Unter anderem inszenierte er die Händel-Opern «Teseo» und «Il pastor fido» für die Internationalen Händelfestspiele in Karlsruhe und Halle. Weitere Arbeiten führten ihn an die Deutsche Oper Berlin, die Bayrische Staatsoper, die Staatstheater Schwerin und Saarbrücken, ans Madlenianum Belgrad in Serbien und das Teatro Gliwice in Polen. Seine Arbeiten wurden u. a. ans Lucerne Festival, die Ruhrfestspiele, die Bayrischen Theatertage, den Heidelberger Stückemarkt und das Konzerthaus Berlin eingeladen. Er ist Stipendiat der Akademie Musiktheater Heute und seit 2019/20 Hausregisseur und Mitglied der Künstlerischen Leitung am Volkstheater Rostock.